SCP-5000については数多くの仮説があり、redditで
Yossipossi氏(だったはず)の投稿した仮説が確認できる中で一番合ってるようです(確か著者の
Tanhony氏曰く『8割程合ってる』でしたっけね)。なのでぶっちゃけこれについては答えられません。私は404氏の仮説が合点いったので好きです。
続いてSCP-055とSCP-579についてですが、この組み合わせの起源は旧ロジェの提言 - Keter任務に遡ります。そこに書いてある記述を元に応用したのがSCP-2998 - 異常放送、2485MHzです。この作品ではなんか色々あった後055と579をガッチャンコして世界を問題発生前まで巻き戻してリセットしています。恐らく5000でも同じ事が起こったのでしょう。
なおディスカッションとソースコードを見ると隠し文章が見られます。前者に登場するワンとテジャニはO5-1と倫理委員会委員長オドンゴ・テジャニと思われます。後者は謎が多いですが、会話が噛み合ってないことを踏まえると恐らく2人の会話の片方だけを記したものではないでしょうか。